さてこちらは考察です。

　まず、今回分かったことと謎のままな点を上げてみます。

　分かったこと

1. 　プログラムの少年は遠い昔の人が作った。（作成者は神ではない）
2. 　ANGEL PLAYER(AP)はあの世界のマテリアルの改変ができる。それはSSSが土から武器を作れるのと同じ
3. 　プログラムの少年がAPによって影を作成する条件は、この世界に愛が芽生えること
4. 　誰かの為に行き、報われた人生をおくった者が、まれに記憶喪失で紛れ込んでくることがある。そして、その時、３のようなバグが発生する。
5. 　報われた人生を送ったにも関われず紛れ込んできたのが「彼」で、APのプログラマー
6. 　「彼」はそのバグに気づき修正をした。影を使って自分をNPC化することで

　謎

1. 　神の存在
2. 　APで何故あの世界のマテリアルが改変できるのか　
3. 　「彼」は何故APを作ったのか。
4. 　プログラムの少年を作ったのは「彼」か。別人か。別人なら、「彼」のAPとどっちが先かにできたか。
5. 　竹山、遊佐の状況。成仏組か卒業組か
6. 　高松はどうなったか。もとに戻ったのか。あのままか
7. 　「彼」はもとに戻ったのか
8. 　奏、音無の成仏条件
9. 　あの世界は今後存続するのか。音無たちの卒業とともに、消えるのか

　謎について、私の考えを述べてみると、1は本編で語られないと思います。ゆりの気持ちが整理がついたので神は出てくることはないでしょう。もっとも、１３話であの世界が終わるのであればちらっと出てくる事はあるかもしれませんが。

　２のマテリアル改変は、「彼」があの世界の真実にかなり迫っていて、それを使いこなす段階まできていたとしか言えません。「彼」が１３話でPCに戻っいればいろいろ聞き出せそうですが、尺的に無理かもしれません。

　４が今回の一番の謎ですね。
　回答案１）「プログラムの少年」の話を信じれば、自分の発動条件が「愛の芽生え」で「彼」が「永遠の楽園」をを否定したのですから、APと一緒に「プログラムの少年」を作ったと思うのが自然です。ところがそうすると、「プログラムの少年」がゆりに「彼」とは別の世界を作ることもできると、ほのめかすのは変です。「彼」なら自分の意にそうように感情面まで含めて「プログラムの少年」を作ると思います。　

　回答案２）「プログラムの少年」は自分をプログラミングした人を「遠い昔の人」といいました。その人は「彼」と別人で「彼」より前の人であるのではないかと。ただ、そうするとこの人、「プログラムの少年」に対して「愛の芽生えがあったら、それを阻止しろ」程度の命令しかせず、感情面はノータッチなんですよね。だから、APを使って阻止はしてはいるものの、ゆりにはあんなことが言えるんですよね。なんか、穴だらけというか。その程度の命令で阻止できるとしか考えてなかった人なのでしょうか？それとも別の意図があったのでしょうか？

　回答案３）「彼」が「プログラムの少年」を作ったが、その時はすでに正気では無くて、感情面まで、気が回らなかった。まあ、ありそうな説ですが、逆のゆり説「そっちが先（略）同じことが起きないように世界に適応させた」が正しければ、これは成り立たなくなります。

　これもあの世界の「彼」がもとに戻れば聞き出せますが、そのシーンを作るのは尺的に無理かと。

　５については１３話見てのお楽しみと言うところでしょうか。竹山は１１話の最後のブログで満足して成仏したとも取れますので。遊佐に関しては分かりません。結構ガルデモと一緒に行動してたのに、今回はガルデモと一緒に成仏しませんでした。最後まで彼女的に残る意味があるのかもしれません。

　６，７はよくわかりません。ただ、１２話の影に襲われたゆりの状況から判断すると、影の中で強制成仏をやっているとも取れます。となると、NPCになった彼らの魂は強制成仏させられ残ってないかもしれません。したがって、２人はあのままである可能性が高いと。

　８、これはある意味核心でしょう。１３話で語られると思います。奏の未練は何なのか。全員成仏だとは思いますが、音無たちが出ていっても、新しい人が入ってきます。つまり、全ての人の未練が解消するまで、彼女は成仏しないと決めていたらどうでしょう。少なくとも、彼女の責務に対する思いは結構強いものが感じられたので、ひっとすると永遠にあの世界に居座ることになりかねません。また、音無の成仏条件は全員成仏だけでしょうか。上記の奏のように決めているかもしれない人がいたらどうでしょう。ある意味、本当の救済の場にはならないのではないでしょうか。ならば、いっそのことあの世界ごと消え去るほうがいいのではないかと判断するかもしれません。
　後から来る人には悪い気がしますが、音無はあの世界を許さないのではないかとそう思います。